厚労省は３月４日、新型コロナウイルスのPCR検査の保険適用を通知した（SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）核酸検出」）。

診療報酬は、採取した検体を検査機関等に輸送し検査を委託する場合は、「SARSコロナウイルス核酸検出」の４回分を合算した点数を準用する（1800点）。それ以外の場合は３回分の点数を準用する（1350点）。

検査に伴う医療費の自己負担は公費が給付されるため、自己負担は発生しない。適用は３月６日から行っている。

これまで「帰国者・接触者外来」では、医師がPCR検査の必要性を判断し、保健所に相談の上、行政検査を行うことになっていた。今後は、行政検査の一環としつつ、保健所への相談を介さずに、医師の判断によってPCR検査を行うことができる。

ただし、当面の間は、院内感染防止や検査の精度管理の観点から、「帰国者・接触者外来」と都道府県が認めた医療機関に実施機関を限定している。