厚労省は6月16日、「新型コロナウイルス感染症緊急包括支援事業（医療分）の実施に当たっての取扱い」を都道府県に事務連絡した。第二次補正予算の新型コロナウイルス感染症緊急包括支援事業（医療分）の補助額などを示している。同交付金は全額国庫負担で、1兆6279億円が確保されている。

新型コロナ患者の専用病院や専用病棟を持つ病院である重点医療機関や協力医療機関以外の医療機関に対する空床確保料の上限額は以下のとおり。◇ICU(1日9万7000円）◇重症患者や中等症患者を受け入れ、酸素投与や呼吸モニタリングなどが可能な病床（1日4万1000円）◇それ以外（1万6000円）。また、宿泊施設借上げ費の室料は１室あたり1日1万3100円、食費は あたり1500円とした。

新型コロナの重症患者を診療する医療従事者派遣事業などの補助額は、医師1人・1時間あたり7550円、医師以外は2760円とした。DMAT,DPAT等医療チーム派遣事業の補助額でも同額となっている。個人防護具や医療用消耗品など医療チーム活動費は実費相当額を支給する。