厚労省は４月６日、「新型コロナウイルス感染症に係る診療報酬上の臨時的な取扱いについて（その41）」を事務連絡した。新型インフルエンザ等まん延防止等重点措置が実施されている区域を含む都道府県に所在するすべての医療機関、薬局、訪問看護ステーションについて、診療報酬の臨時的な取扱いの対象とみなすことを明確にした。なお、重点措置の期間は月単位で適用する。

診療報酬の臨時的な取扱いの内容は、2020年８月31日の「新型コロナウイルス感染症に係る診療報酬上の取扱いについて（その26）」に示されている。それまでに出された診療報酬の特例を整理したものとなっており、
◇定数超過入院
◇月平均夜勤時間数
◇看護師や准看護師、看護補助者の数や比率
◇平均在院日数
などの基準が満たせなくなっても、地方厚生局に届出を行わなくてよいことにしている。