政府は新型コロナウイルスの感染拡大の抑え込みと社会経済活動の回復を目指し、第二次補正予算案を5月27日、閣議決定した。医療や介護・福祉、雇用など厚労省分は４兆9733億円。新型コロナウイルス感染症緊急包括交付金は第一次補正での対策を含め、すべて国庫負担とした上で、２兆2370億円を積み上げた。このうち３千億円弱を使って、医療従事者等に最大20万円の慰労金を支給する。対象者は約310万人。

厚労省分の予算項目をみると、◇検査体制の充実やワクチン・治療薬の開発（2719億円）◇交付金の拡充を含む医療・福祉の医療提供体制の整備（２兆7179億円）◇雇用調整助成金など生活支援（１兆9835億円）─となっている。

交付金の拡充では、◇重点医療機関の病床確保（4700億円）◇重点医療機関等の設備整備（30億円程度）◇慰労金（2900億円）◇救急・周産期・小児医療の院内感染防止対策（1500億円）◇医療機関・薬局等の感染拡大防止等支援（2600億円）がある。

患者減などにより減収が生じている医療機関に対しては、福祉医療機構による無利子・無担保の融資を拡充（310億円）し、支援する。６月の診療報酬の支払いでは、４月分だけでなく５月分の概算前払いができるようにする。