中医協は３月６日の総会で、診療報酬上の被災地特例措置の取扱いを了承した。東日本大震災に関しては、宮城県の定数超過入院２件と岩手県の仮設建物１件の特例を2021年３月末までとする。福島県の定数超過入院１件は、特例解消の「めどが立たない」としており、現時点では終了時期を定めない。

熊本地震に関しては、仮設建物１件の利用があったが、再編・事業譲渡で３月31日に閉院となるため、特例も終了する。

平成30年７月豪雨及び平成30年北海道胆振東部地震に関しては、７医療機関（岡山４件・広島１件・愛媛２件）の利用があり、2019年９月まで特例を延長する。