厚労省の鈴木俊彦事務次官は９月６日に厚生日比谷クラブと記者会見を行い、医療機関の控除対象外消費税の問題について見解を示した。診療報酬で補てんする現在の方法について「診療報酬は平均的な姿でしか対応できない。医療機関は規模も診療内容もさまざまであるため、すべてにジャストミートすることはできない」と指摘する一方で、「税制はきちんとした理論で成り立っており、『（医療は）非課税なのに税制上の措置をしてくれ』というのは違うのではないか」と述べた。

その上で、「そうしたなかで診療報酬とそれ以外をどのように組み合わせるか。それ以外のなかには税もあるかもしれないが、こうした思考経路は医療界にも違和感はないのではないか」と述べた。

厚労省の分割論については、「行政需要が大きくなって組織が機能不全になったときの処方箋は組織を分けることではない。一番の処方箋は、行政需要に見合った人員組織体制がきちんと整備されているか。分けることありきは少し違う」と述べた。