厚労省は2018年７月25日の中医協・医療機関等における消費税負担に関する分科会に、消費税８％への引上げに伴う控除対象外消費税の診療報酬による補填状況を報告した。

平成28年度調査で、病院の補填率が85％と低く、診療所などを合わせた全体でも92.5％であり、100％に満たないことがわかった。病院間でのばらつきは大きく、精神科病院が129.0％であるのに対し、一般病院は85.4％、特定機能病院に至っては、61.7％にとどまった。

厚労省の26年度調査では、補填率は全体で102.07％と100％を超えていた。しかし今回計算ミスがあることがわかり、改めて推計したところ、26年度の補填率は90.6％まで下がった。

病院の類型でばらつきはあるものの、全体では概ね100％の補填が行われているとの認識で議論していたのが、実際は90％強であることに、診療側の委員からは「衝撃を受けている」との声があがった。